Ülema administratsioon toetab akadeemia ülemat tööorganina akadeemia juhtimise planeerimisel, kontrollimisel, aruandlusel ning korraldab protokolliteenust ja kommunikatsiooni- ja turundustegevust. Ülema administratsiooni juhib ülema asetäitja, kes:

• tagab akadeemia ülemale otsuste tegemiseks vajaliku teabe ja kavandab ülema määratud akadeemiaülesed tegevused
• korraldab akadeemiale määratud sõjalise riigikaitse ülesannete ettevalmistamist ja elluviimist

Õppeosakond korraldab tasemeõpet ja täienduskoolitust ning tegeleb teadus- ja arendustegevusega õppetöös ja sõjateaduses.

Õppurkorpuse ülesanne on osaleda õppetöös kooskõlas õppekavade ja õppekorralduslike eeskirjadega.

Võimelünkade leidmiseks ja nende kõrvaldamiseks on Kaitseväes tarvis eesmärgistatud teadus- ja arendustegevust, mis pakuks tuge teaduspõhisele võimearendusele. Dokumendi Kaitseministeeriumi valitsemisala teadus- ja arenduspoliitika 2014–2022 järgi on Kaitseväe Akadeemia sõjateaduse keskus. KVA-l on peavastutus oluliste teadus- ja arendusalaste üldpädevuste (operatsioonianalüüs, eestvedamine, ressursihaldus ja tehnoloogia) süsteemse arendamise eest ning toetav roll riigikaitsestrateegia ja -poliitika ning sõjaajaloo valdkonna arendamisel.

Teadustöö arendamiseks KVA-s, kaitsevaldkonnas laiemalt ning koostöö edendamiseks tsiviil- ja militaarteadlaste vahel on KVA-s loodud rakendusuuringute osakond, mille põhiülesandeks on kaitsestruktuuride arengu ja riigikaitse tugevdamisega seotud probleemidele teaduslikult argumenteeritud lahenduste leidmine. Alates 2016. aastast on sõjateadus ja -tehnoloogia Eesti teadus- ja arendustegevuse valdkondade loetelus nimetatud iseseisva teadusvaldkonnana.

Selleks, et toetada teadustööd KVA-s, hakati 2003. aastal välja andma teadusajakirja “KVÜÕA toimetised”, mis alates 2015. aastast kannab pealkirja Sõjateadlane (ingl k Estonian Journal of Military Studies). Sõjateadlane on praegu ainus Eesti Vabariigis ilmuv, rahvusvahelise toimetuskolleegiumiga ja levikuga eelretsenseeritav teadusajakiri, mis käsitleb sõjandusküsimusi ning mille eesmärk on avaldada eesti- ja võõrkeelseid sõjateaduslikke kirjutisi ning allikmaterjale.

Teadus- ja arendustegevuse eesmärgid KVA-s on:

• koordineerida võimearendusega seotud kaitsealast teadus- ja arendustegevust;
• viia ellu teadus- ja arendustegevust, eelkõige operatsioonianalüüsi, eestvedamise, ressursihalduse ja tehnoloogia valdkonnas, ning osaleda riigikaitsestrateegia ja -poliitika ning sõjaajaloo valdkonnas;
• osaleda rahvusvahelises koostöös;
• arendada Kaitseväe teadus- ja arenduspotentsiaali, sidudes omavahel teadustöö ja õppetegevuse ning õpetades tulevasi sõjateadlasi;
• toetada koostöös ülikoolide ja kaitsetööstusettevõtetega sõjandusalast teadus- ja arendustegevust.

Toetusteenuste osakond korraldab akadeemia personalitööd ning side- ja infotehnoloogilist teenindamist. Osakond osutab õppevara- ja transporditeenust ning haldab ja hangib akadeemia tegevuseks vajalikku vara ning varusid.

• Matkegrupp

Sõja- ja katastroofimeditsiinikeskus (SKMK) on KVA allüksus, mille ülesandeks on korraldada sõja- ja katastroofimeditsiinialast väljaõpet kaitseväelastele, reservmeedikutele, meditsiiniüliõpilaste ning teistele koostööpartneritele. Sellega seonduvalt tegeleb SKMK Eestis ka sõja- ja katastroofimeditsiini valdkonna teadus- ja arendustegevusega. Samuti tagab SKMK tervishoiuteenust omas kaitseväe teeninduspiirkonnas.

Seda kõike eesmärgiga pakkuda võimalikult nüüdisaegset, praktilise suunitlusega ning ühtlustatud väljaõpet tsiviilmeditsiinis harva esinevate kriiside lahendamiseks ja vigastustega tegelemiseks.

Kaitseväe Akadeemia sõja- ja katastroofimeditsiinikeskust ja selle tegevust juhib ülem-arst kolonelleitnant Ahti Varblane.

Sõja- ja katastroofimeditsiinikeskuse allüksused on:

• väljaõppejaoskond, kus on lektorite grupp ning õpetajate grupp
• ravijaoskond
• toetus- ja arendustegevuse jaoskond