Kaitseväe Akadeemia koosneb järgmistest allüksustest:
HALDUSOSAKOND
Haldusosakonna eesmärk on planeerida ülema juhiste rakendamist, et allüksuste tegevused ja ressursikasutus toimiks koordineeritult ning kontrollitult, tagamaks parim võimalik logistiline tugi akadeemia allüksustele.
Haldusosakonna põhiülesanneteks on toetada akadeemia ülemat tööorganina akadeemia juhtimise planeerimisel, kontrollimisel ning aruandlusel ja korraldada protokolliteenust, julgeolekualast-, kommunikatsiooni- ja turundustegevust, side- ja infotehnoloogilist teenindamist. Osakond osutab õppevara- ning transporditeenust ning haldab ja hangib akadeemia tegevuseks vajalikku vara ja varusid.
Haldusosakonda juhib akadeemia ülema asetäitja, kes allub vahetult akadeemia ülemale ning asendab akadeemia ülemat tema äraolekul.
Haldusosakonna allüksused on:
- ülema administratsioon
- tugijaoskond
- õppetoe jaoskond
- Balti kaitsekolledži rakkejaoskond
ÕPPEOSAKOND
Õppeosakond korraldab tasemeõpet ja täienduskoolitust ning tegeleb teadus- ja arendustegevusega õppetöös ja sõjateaduses.
ÕPPURKORPUS
Õppurkorpuse ülesanne on osaleda õppetöös kooskõlas õppekavade ja õppekorralduslike eeskirjadega.
RAKENDUSUURINGUTE OSAKOND
Rakendusuuringute osakond (RUO) on Kaitseväe Akadeemia allüksus, mis tagab akadeemia ülesannete täimise oma tegevusvaldkonnas.
RUO eesmärk on toetada teaduspõhiste uuringute ja uudsete lahenduste väljatöötamise kaudu kaitseväe väevõimete arendamist.
RUO põhiülesanne on korraldada sõjateaduse arendamist, et tagada kaitseväe võimearenduse jätkusuutlikkus.
RUO tegevusvaldkonnad on:
- Kaitseväe teadus- ja arendustegevuse planeerimine, elluviimine ja kontroll;
- Kaitseväe teadus- ja arendustegevuseks vajalike ressursside planeerimine ja kontroll nende kasutamise üle;
- Kaitseväe teadus- ja arendustegevuse tulemuste levitamine ja sõjateaduslike materjalide publitseerimine (teadusajakirjad);
- kaitsetehnoloogia arendusprojektide elluviimine ja kontroll;
- kaitsetööstusettevõtete teadus- ja arendustegevuse toetamine sõjalise ja metodoloogilise pädevusega;
- pädevuse suurendamine kaitseväe teadus- ja arendustegevuse valdkonnas
RUO allüksused on:
- kaitseanalüüsi grupp (ingl Defence Analysis Group);
- strateegilise analüüsi grupp (ingl Strategic Analysis Group);
- kaitsetehnoloogia arenduse grupp (ingl Defence Technology Development Group);
- toimetusgrupp (ingl Publishing and Editing Group)
RUO allüksuste põhiülesandeid vaata lähemalt RUO põhimäärusest.
SÕJA- JA KATASTROOFIMEDITSIINIKESKUS
Sõja- ja katastroofimeditsiinikeskus (SKMK) on KVA allüksus, mille ülesandeks on korraldada sõja- ja katastroofimeditsiinialast väljaõpet kaitseväelastele, reservmeedikutele, meditsiiniüliõpilaste ning teistele koostööpartneritele. Sellega seonduvalt tegeleb SKMK Eestis ka sõja- ja katastroofimeditsiini valdkonna teadus- ja arendustegevusega. Samuti tagab SKMK tervishoiuteenust omas kaitseväe teeninduspiirkonnas.
Seda kõike eesmärgiga pakkuda võimalikult nüüdisaegset, praktilise suunitlusega ning ühtlustatud väljaõpet tsiviilmeditsiinis harva esinevate kriiside lahendamiseks ja vigastustega tegelemiseks.
Kaitseväe Akadeemia sõja- ja katastroofimeditsiinikeskust ja selle tegevust juhib ülem-arst kolonelleitnant Ahti Varblane.
Sõja- ja katastroofimeditsiinikeskuse allüksused on:
- väljaõppejaoskond, kus on lektorite grupp ning õpetajate grupp
- ravijaoskond
- toetus- ja arendustegevuse jaoskond