Kaitseväe Akadeemia koosneb  järgmistest allüksustest:

HALDUSOSAKOND

Haldusosakonna eesmärk on planeerida ülema juhiste rakendamist, et allüksuste tegevused ja ressursikasutus toimiks koordineeritult ning kontrollitult, tagamaks parim võimalik logistiline tugi akadeemia allüksustele.

Haldusosakonna põhiülesanneteks on toetada akadeemia ülemat tööorganina akadeemia juhtimise planeerimisel, kontrollimisel ning aruandlusel ja korraldada protokolliteenust, julgeolekualast-, kommunikatsiooni- ja turundustegevust, side- ja infotehnoloogilist teenindamist. Osakond osutab õppevara- ning transporditeenust ning haldab ja hangib akadeemia tegevuseks vajalikku vara ja varusid.

Haldusosakonda juhib akadeemia ülema asetäitja, kes allub vahetult akadeemia ülemale ning asendab akadeemia ülemat tema äraolekul.

Haldusosakonna allüksused on:

• ülema administratsioon
• tugijaoskond
• õppetoe jaoskond
• Balti kaitsekolledži rakkejaoskond

ÕPPEOSAKOND

Õppeosakond korraldab tasemeõpet ja täienduskoolitust ning tegeleb teadus- ja arendustegevusega õppetöös ja sõjateaduses.

ÕPPURKORPUS

Õppurkorpuse ülesanne on osaleda õppetöös kooskõlas õppekavade ja õppekorralduslike eeskirjadega.

RAKENDUSUURINGUTE OSAKOND

Võimelünkade leidmiseks ja nende kõrvaldamiseks on Kaitseväes tarvis eesmärgistatud teadus- ja arendustegevust, mis pakuks tuge teaduspõhisele võimearendusele. Dokumendi Kaitseministeeriumi valitsemisala teadus- ja arenduspoliitika 2014–2022 järgi on Kaitseväe Akadeemia sõjateaduse keskus. KVA-l on peavastutus oluliste teadus- ja arendusalaste üldpädevuste (operatsioonianalüüs, eestvedamine, ressursihaldus ja tehnoloogia) süsteemse arendamise eest ning toetav roll riigikaitsestrateegia ja -poliitika ning sõjaajaloo valdkonna arendamisel.

Teadustöö arendamiseks KVA-s, kaitsevaldkonnas laiemalt ning koostöö edendamiseks tsiviil- ja militaarteadlaste vahel on KVA-s loodud rakendusuuringute osakond, mille põhiülesandeks on kaitsestruktuuride arengu ja riigikaitse tugevdamisega seotud probleemidele teaduslikult argumenteeritud lahenduste leidmine. Alates 2016. aastast on sõjateadus ja -tehnoloogia Eesti teadus- ja arendustegevuse valdkondade loetelus nimetatud iseseisva teadusvaldkonnana.

Selleks, et toetada teadustööd KVA-s, hakati 2003. aastal välja andma teadusajakirja “KVÜÕA toimetised”, mis alates 2015. aastast kannab pealkirja Sõjateadlane (ingl k Estonian Journal of Military Studies). Sõjateadlane on praegu ainus Eesti Vabariigis ilmuv, rahvusvahelise toimetuskolleegiumiga ja levikuga eelretsenseeritav teadusajakiri, mis käsitleb sõjandusküsimusi ning mille eesmärk on avaldada eesti- ja võõrkeelseid sõjateaduslikke kirjutisi ning allikmaterjale.

Teadus- ja arendustegevuse eesmärgid KVA-s on:

• koordineerida võimearendusega seotud kaitsealast teadus- ja arendustegevust;
• viia ellu teadus- ja arendustegevust, eelkõige operatsioonianalüüsi, eestvedamise, ressursihalduse ja tehnoloogia valdkonnas, ning osaleda riigikaitsestrateegia ja -poliitika ning sõjaajaloo valdkonnas;
• osaleda rahvusvahelises koostöös;
• arendada Kaitseväe teadus- ja arenduspotentsiaali, sidudes omavahel teadustöö ja õppetegevuse ning õpetades tulevasi sõjateadlasi;
• toetada koostöös ülikoolide ja kaitsetööstusettevõtetega sõjandusalast teadus- ja arendustegevust

SÕJA- JA KATASTROOFIMEDITSIINIKESKUS

Sõja- ja katastroofimeditsiinikeskus (SKMK) on KVA allüksus, mille ülesandeks on korraldada sõja- ja katastroofimeditsiinialast väljaõpet kaitseväelastele, reservmeedikutele, meditsiiniüliõpilaste ning teistele koostööpartneritele. Sellega seonduvalt tegeleb SKMK Eestis ka sõja- ja katastroofimeditsiini valdkonna teadus- ja arendustegevusega. Samuti tagab SKMK tervishoiuteenust omas kaitseväe teeninduspiirkonnas.

Seda kõike eesmärgiga pakkuda võimalikult nüüdisaegset, praktilise suunitlusega ning ühtlustatud väljaõpet tsiviilmeditsiinis harva esinevate kriiside lahendamiseks ja vigastustega tegelemiseks.

Kaitseväe Akadeemia sõja- ja katastroofimeditsiinikeskust ja selle tegevust juhib ülem-arst kolonelleitnant Ahti Varblane.

Sõja- ja katastroofimeditsiinikeskuse allüksused on:

• väljaõppejaoskond, kus on lektorite grupp ning õpetajate grupp
• ravijaoskond
• toetus- ja arendustegevuse jaoskond