Kaitseväe Akadeemia sõjaväelise juhtimise magistriõppe õppekava koosneb üldjuhtimis-, pedagoogika ja uurimistöö ning spetsialiseerumismoodulist maa-, mere- või õhuväe suunal. Üldjuhtimis- ning pedagoogika ja uurimistöö moodulis antakse lisaks sõjaväelistele distsipliinidele kuulajatele terviklik ja nüüdisaegne, kaitseväele ning riigile püstitatud nõudeid ja ülesandeid arvestav akadeemiline haridus. Lisaks kohustuslikele õppeainetele on kuulajatele antud võimalus valida valikaineid mitmete erinevate valdkondade vahel.
Spetsialiseerumismooduli eesmärk on süvendada magistrandi teadmisi ja oskusi ning kujundada hoiakuid vastavalt oma väeliigile (maa-, mere- või õhuvägi) üksuste lahingutegevuse planeerimiseks ja juhtimiseks nüüdisaegse lahingutegevuse tingimustes ning staabiohvitseri ülesannete täitmiseks kaitseväe ja Kaitseliidu struktuuriüksuse staapides ja rahvusvahelistes taktikatasandi staapides.
Õppekava eesmärk on valmistada ohvitsere ette täitma taktikatasandi üksuse ülema või staabiohvitseri ülesandeid vastavas väeliigis kaitseväes ja Kaitseliidus nii rahu- kui sõjaajal. Eesmärgi saavutamiseks võimaldatakse õppuril süvendada kõrgemal tasemel valdkondlikke teadmisi ja oskuseid, arendades nende juhipädevusi ning kujundades nende hoiakuid elukestva õppija, aktiivse ühiskonna liikme ning Eesti riigi kaitsjana. Õppekava lähtub ohvitseri töökeskkonnast ja funktsioonidest, võimaldades lõpetajal täita juhi, diplomaadi, halduri, tehniku, pedagoogi ja uurija ülesandeid.
Pärast magistriõppe lõpetamist ja eeskujulikku teenistust kaitseväes on ohvitseril võimalik jätkata õpinguid juba Kaitseväe Akadeemiaga samas majas paiknevas Balti Kaitsekolledžis, mis annab vanemstaabiohvitseri ettevalmistuse ja on ühtlasi ohvitseri sõjaväelise väljaõppe kolmas aste.
Magistriõpingute nominaalkestus on kaks aastat, õppekava maht on 120 EAP (80 AP).